Der Film spielt im Jahr 1964 im US-Bundesstaat Mississippi, als im Jessup County drei junge Bürgerrechtsaktivisten spurlos verschwinden. Die Blu-ray zeigt die Ermittlungen der FBI-Agenten Alan Ward, verkörpert durch Willem Dafoe, und Rupert Anderson, gespielt von Gene Hackman. Während das FBI einen Mord durch Anhänger des Ku-Klux-Klans vermutet, fehlt von den Opfern jede Spur.

Die Handlung thematisiert den tief verwurzelten Rassismus in der ländlichen Region, in der selbst die lokale Polizeikräfte Verbindungen zum Klan unterhalten. Die beiden Agenten müssen trotz ihrer unterschiedlichen Arbeitsmethoden und des massiven Widerstands der Bevölkerung zusammenarbeiten, um den Fall aufzuklären. Das Drama ist in multicolour gehalten und beleuchtet die Spannungen während der Zeit des amerikanischen Bürgerkriegs gegen die eigenen gesellschaftlichen Werte.